Музей создан группой краеведов во главе с Владимиром Александровичем Гречухиным по идее московского журналиста, обозревателя газеты "Советская культура" Ильи Борисовича Медового. Именно он собрал по всей Москве и первые экспонаты в количестве 200 предметов. Идея настолько всем понравилась, что на "Союзмультфильме" и Центральном телевидении прошли конкурсы рисунков на "мышиные" темы, мультипликаторы презентовали кукол из отечественных анимационных кинолент, Булат Окуджава привёз игрушки мышей из-за границы. Мышкинские энтузиасты собирали игрушечных, сувенирных и самодельных мышек по всей стране. Для экспозиции был выделен старинный дом, в прошлом принадлежавший купцу Литвинову. Открытие музея состоялось 1 мая 1990 г. Первую экспозицию оформила художник Дома пионеров (ныне - Дом детского творчества) Лидия Александровна Милорадова, а руководил созданием экспозиции её будущий муж Олег Борисович Карсаков, один из энтузиастов Мышкинского народного музея, ныне его общественный директор. Как единственный в мире, музей Мыши включён в первую российскую книгу рекордов "Диво-90". В 1996 г. - Год Мыши - был учреждён Международный фестиваль Мыши, проводимый раз в двенадцать лет. В 1999 г. музей переехал в более просторное здание (ул. Угличская, 18), бывший дом купца Титова, где располагается и в настоящее время. Музей Мыши стал визитной карточкой города, входит в комплекс Мышкинского народного музея, которым заведует Любовь Владимировна Гречухина. Фонды музея Мыши насчитывают более 6 тысяч экспонатов из 18 стран мира и постоянно пополняются. В коллекции собраны сотни шутливых изображений мыши, книги о мышах, мышки-игрушки, мышки-поделки и т. п., есть даже мини-зоопарк с разными видами мышей. Более десяти лет при музее работает общественное издательство, выпускает сборники стихов местных поэтов, "Мышкинские сказки", газету "Мышгород" ― орган Мышкинского народного музея и районной организации краеведов «Мышкин». В 2008 г. издательство получило название "МышЪиздат".

Гречухин В. А. Всё началось с улыбки // Волжские зори. 1990. 20 февр.

Осокина Р. Здравствуйте! : [об открытии 1 мая музея Мыши] // Волжские зори. 1990. 12 июня.

Диво-90. Чудеса, рекорды, достижения. М., 1991. С. 80-81.

Карсаков О. Б. Единственный в мире музей Мыши // Всемирная мышеология. Мышкин, 2008. С. 188-199.

Щербакова А. Здесь можно встретить собрания редкостей : [экскурсия по музеям России, в т. ч. о Музее мыши] // Библиополе. 2011. № 4. С. 68-72 : фот.

Негосударственные музеи Ярославской области : информ. справ. / сост. Н. А. Заболотская, Л. Я. Смирнова. 2-е изд., доп. Ярославль, 2012. С. 68.

Медовой И. Мы рождены, чтоб сказку сделать брендом // Семья и школа. 2013. № 3/4. С. 60-64 : фот. цв.