Церковь Рождества Христова была построена в 1644 г. на средства ярославских купцов Акиндина и Гурия Назарьевых. Основной объём росписей был выполнен в летний сезон 1683 г. под руководством ярославских мастеров Дмитрия Семёнова и Фёдора Игнатьева.  В 1831-1832 гг. при митрополите Аврааме церковь была значительно перестроена – сняты боковые главы, изменена форма центральной, на месте разобранной двухэтажной северной галереи с двумя приделами сооружён тёплый одноэтажный храм. В 1962-1963 гг. первоначальный архитектурный облик был восстановлен.  Колокольня представляет собой комплекс, включающий в себя Святые ворота, надвратную церковь Гурия, Самона и Авива. В начале XVIII в. при храме прихожанином Саввой Романовым был устроена богадельня, в которой призревалось более 40 человек. 21 сентября 1921 г. церковь была закрыта и передана отделу по охране памятников искусства и старины при Яргубнадзоре.  20 марта 1935 г. постановлением Президиума ВЦИК церковь была поставлена на охрану, однако за последующие десятилетия пришла в плачевное состояние. В 1960-х гг. была проведена масштабная реставрация церкви, икон и росписей. В 1970 г. церковь передали в ведение Ярославского музея-заповедника. В 1976 г. её открыли для музейного посещения.

Добровольская Э. Д. Церковь Рождества Христова в Ярославле (некоторые проблемы истории строительства храма) // XV научные чтения памяти Ирины Петровны Болотцевой (1944-1995) : сборник статей. Ярославль, 2011. С. 59-67.

Рутман Т. А. Храмы и святыни Ярославля. Ярославль, 2005. С. 145-151.

Хрупалова И. Белый храм Рождества Христова // Ярославские епархиальные ведомости. 2011. - № 246 (декабрь). С. 8-9.

Трацевский Б. Н., библиограф отдела краеведения ЯОУНБ им. Н. А. Некрасова